1993年，香港骨科醫學院隨香港醫學專科學院成立，成為專科學院下12個分科學院之一，亦是本港首批成立的專科學院之一。學院創立的緣起追溯至1951年，由香港大學在瑪麗醫院創立了骨科專科部門說起。 正式的香港骨科醫生訓練則要在10年以後，隨著香港大學骨科學系成立才首度出現；香港骨科醫學會則於1965年成立，全力為本地的骨科同業籌劃各式學術與社會事務，一直至今。
香港最初的骨科專科培訓課程不論在訓練內容或是認可專業資格方面，都沿用英國體制。骨科醫學員需要通過重重嚴峻的考試，加上一段時間的海外實習經驗，才可合符專業資格的要求。
1960年代至1984年，香港骨科培訓需吻合英國皇家外科醫學院院士的考試資格。 及至1985至1991年，澳洲皇家醫學院取代了舉辦終期試的角色。1991至1996年，學院把角色取而代之。由1997年起，學院便與英國愛丁堡皇家外科醫學院攜手，主持考試安排。
隨著全球骨科醫學概念與技術不斷創新，例如專科分項、微創技術與電腦輔助手術等，學院亦與時並進，不斷更新課程內容，同步向前。
骨科發展日新月異，學院有感骨科醫生亦需要不斷進修知識與技巧增值，就此為在港執業的註冊骨科醫生提供了持續專業進修課程。